Prinsip kerja mesin penghancur limbah medis terutama mengandalkan pemotongan mekanis dan penghancuran dampak. Peralatan tersebut menggunakan cakram dan bilah pemotong yang berputar berkecepatan tinggi untuk memotong, merobek, dan menggiling limbah medis yang masuk. Limbah terus menerus bertabrakan dan bergesekan di dalam ruang pencacahan, secara bertahap dihancurkan menjadi butiran atau potongan kecil untuk sterilisasi atau pengolahan selanjutnya. Metode pencacahan mekanis ini dapat mengolah berbagai jenis limbah medis, antara lain plastik, karet, dan kertas, sekaligus mengurangi volume limbah.
Sistem tenaga mesin penghancur sangat penting dalam mendorong proses penghancuran. Motor menggerakkan cakram pemotong untuk berputar melalui peredam atau secara langsung, dan bilah memotong limbah dengan kecepatan tinggi. Kecepatan putaran, jumlah bilah, dan tata letak cakram pemotong menentukan efisiensi penghancuran dan ukuran partikel keluaran. Gaya sentrifugal dan gaya geser yang dihasilkan oleh putaran berkecepatan tinggi dengan cepat menghancurkan limbah di dalam ruang pencacahan dan membuangnya secara merata, sehingga meningkatkan efisiensi pemrosesan. Perlindungan keselamatan dan sistem kontrol pembuangan juga disediakan. Saluran masuk umpan biasanya dilengkapi dengan perangkat pelindung untuk mencegah operator menyentuh bilah; saluran keluar pembuangan dirancang untuk memastikan kelancaran pembuangan limbah yang diparut. Sistem kontrol dapat menyesuaikan daya dan kecepatan motor dan secara otomatis menghentikan mesin jika terjadi kelebihan beban atau penyumbatan, memastikan pengoperasian peralatan yang aman. Melalui pengoperasian sistem penghancuran dan kontrol mekanis yang terkoordinasi, penghancur limbah medis mencapai pengolahan limbah yang efisien, terkendali, dan higienis.