Komponen inti dari mesin penghancur limbah medis adalah ruang penghancur dan sistem pisau. Ruang pencacahan biasanya terbuat dari baja tahan karat yang tahan korosi untuk memastikannya tetap tidak terkorosi bahkan setelah kontak lama dengan limbah medis, sementara permukaannya yang halus memudahkan pembersihan. Sistem bilahnya terdiri dari bilah yang terbuat dari baja paduan berkekuatan tinggi dan tahan aus. Pisau ini menghancurkan limbah medis melalui putaran kecepatan tinggi. Jumlah dan tata letak bilah dirancang berdasarkan kapasitas pemrosesan dan efek penghancuran untuk memastikan penghancuran yang seragam dan ukuran partikel keluaran yang dapat dikontrol.
Sistem transmisi dan penggerak sangat penting untuk kelancaran pengoperasian mesin penghancur kertas. Sistem transmisi biasanya mencakup motor, peredam, dan poros penggerak. Motor menyediakan tenaga, dan peredam mengatur kecepatan, memungkinkan bilah beroperasi pada kecepatan optimal untuk pencacahan yang efisien. Komponen utama seperti bantalan dan kopling harus tahan aus dan tahan suhu tinggi untuk memastikan stabilitas dan umur panjang selama pengoperasian berkelanjutan, sekaligus meminimalkan getaran dan kebisingan.
Mesin penghancur limbah medis juga dilengkapi dengan sistem keselamatan dan tambahan. Saluran masuk umpan biasanya dilengkapi dengan penutup pelindung atau perangkat anti-penyumbatan untuk mencegah operator menyentuh bilah; outlet pembuangan dirancang dengan bukaan yang dapat dikontrol untuk memudahkan pembuangan limbah dan pemrosesan selanjutnya. Sistem kontrol memantau beban motor, status pengoperasian, dan perlindungan beban berlebih; beberapa unit juga dilengkapi dengan tombol berhenti darurat untuk menjamin keselamatan operasional. Desain keseluruhan bodi alat berat menyeimbangkan stabilitas dengan kemudahan pembersihan dan perawatan, menjadikan peralatan efisien dan aman.